Beatrix Wagner studierte von 1989 bis 1996 Flöte bei Prof. Dr. Richard Müller-Dombois an der Musikhochschule Detmold. Für weitere wichtige Anregungen sorgten Meisterkurse bei Robert Aitken, Robert Dick, Carin Levine und Istvan Matuz.

Während ihrer Studienzeit war Beatrix Wagner Solo-Flötistin im Schleswig-Holstein-Musikfestival-Orchester, wo sie mit so namhaften Dirigenten wie Herbert Blomstedt, Dimitrij Kitajenko, Gunther Schuller und Krzysztof Penderecki, dessen 5. Symphonie sie in Europa miterstaufführte, zusammenarbeiten konnte und Preisträgerin verschiedener internationaler Wettbewerbe, wie dem Kuhlau-Wettbewerb für Flötisten in Uelzen oder dem Bläserwettbewerb in Kerkrade (NL).
Stipendien des Landes NRW und des Office Franco-Allemand ermöglichten ihr 2000/01 einen einjährigen Aufenthalt in Paris, wo sie im Unterricht bei Philippe Racine wesentliche Impulse erhielt.

2001 gründete sie mit dem Ensemble Reflexion K Deutschlands nördlichstes Solisten-Ensemble für Neue Musik, mit dem sie seit 2002 eine eigene Konzertreihe im Ostseebad Eckernförde bespielt. 2006 und 2007 war sie an der Gründung der beiden schleswig-holsteinischen Neue-Musik-Festivals „chiffren – kieler tage für neue musik“ und „ProvinzLärm Eckernförde“ beteiligt und von 2008 bis 2010 wirkte sie als Dozentin für das neu gegründete LandesJugendEnsemble für Neue Musik Schleswig-Holstein.

Als Solistin und Kammermusikerin konzertiert Beatrix Wagner im In-und Ausland und erhielt Einladungen von Ensembles wie dem Ensemble Modern, der MusikFabrik NRW, dem Ensemble Aventure, Ensemble SurPlus oder Insomnio (NL).

Konzertreisen führten sie durch Europa, Asien, Nord- und Südamerika. Sie gastierte auf Festivals wie dem Schleswig-Holstein-Musikfestival, den Internationalen Ferienkursen für Neue Musik Darmstadt, der Maerzmusik Berlin, dem Westfälischen Musikfest, den bludenzer tagen für zeitgemäße musik (A), dem Transit-Festival Leuven (B), Tres Cantos Madrid (E), New York Philharmonic Biennal, ICMC Singapur, SICMF Süd-Korea, NYCEMF Festival New York, „IV. Gara Garayev Festival“ Baku (Aserbaidschan) oder „Roaring Hoofs“ Mongolia und trat in Konzerthäusern wie der Kölner Philharmonie, dem Concertgebouw Amsterdam, der Philharmonie St. Petersburg, dem Seoul Arts Center, der Oper in Ulan Bator, dem Sala Zitarrosa Montevideo/Uruguay, dem Centro Cultural Parque de Espana, Rosario (RA), der Sala Alberto Williams Buenos Aires oder dem National Sawdust New York auf.

Rundfunk- und CD-Aufnahmen produzierte Beatrix Wagner für den BR, SWR, WDR, MDR, NDR, RB, Deutschlandfunk und DeutschlandRadio, sowie für die Labels ambitus, col legno, Coviello, NEOS, edition zeitklang und mode records/ New York. Die beiden Solo-CDs der Flötistin, „positions“ (2003) und „Spiegelungen“ (2011), wurden von der Presse für ihren Mut, sowohl klanglich als auch programmatisch derart in die Extreme zu gehen, hochgelobt.
Beatrix Wagner arbeitet intensiv mit den Komponisten, deren Werke sie aufführt, zusammen und wagt in ihren Projekten gerne Gratwanderungen und Grenzüberschreitungen. Derzeit beschäftigt sie sich auch mit dem Hackbrett, einem Instrument, das in der Volksmusik der Alpenregion sehr verbreitet ist und bringt damit Walter Zimmermanns „Das Gras der Kindheit“ (2006) für Hackbrett und Gesang (1 Person) auf die Bühne.

Im Frühjahr 2019 gründete sie zusammen mit der New Yorker Cellistin Madeleine Shapiro das Duo Be.Mad, das sich überwiegend neuester Musik für Flöte(n), Cello und Elektronik (Audio/Video) verschrieben hat.

2014/ 2015 spielte Beatrix Wagner zusammen mit dem Ensemble Reflexion K in Kooperation mit dem Deutschlandfunk drei Portrait-CDs der Komponisten Nicolaus A. Huber, Peter Gahn und Gerald Eckert ein, von denen die letztgenannte, Gerald Eckert „on the edges“ (mode records/ New York), für die Bestenliste des Preises der Deutschen Schallplattenkritik nominiert wurde.

Anfang Dezember 2019 erschien die neueste CD des Ensemble Reflexion K mit Werken von Nicolaus A. Huber zu dessen 80. Geburtstag bei Coviello.